历史与简介
1979年1月6日，马来西亚神学院在圣公会、福音信义会与卫理公会共同合作下成立。对于圣公会和福音信义会而言，继之前合办的基督教培训中心和 Kolej Theoloji Malaysia, 这标志着他们在马来西亚神学教育的合作进深至另一阶段。自那时侯起，我们仍坚持异象，并感谢许多为马来西亚神学院的成长和发展做出贡献的人士。
马来西亚神学院的旅程始于吉隆坡十五碑的福音信义会建筑楼（1979年至1983年4月）。后来，我们搬迁至吉隆坡洗都的卫理中学（1983年6月至1991年），继洗都之后，复又搬迁至八打灵再也的方济楼（1992年至1997年）。接近20年，马来西亚神学院有如游牧民族，直至1998年才迁入芙蓉的永久院址，及时迎接新的学年。
在历史不算悠长的岁月中，我们已培育了接近1500名的毕业生，如今在本国及世界各地积极地服事主。本院讲师团的资历和经验也越加提升，我们很高兴看到支持的教会正采取措施预备合适与合格的牧者在神学院里教学。
我们的创院先贤——已故方中南荣誉会督、已故E.B. Muthusami会督及已故丹斯里J.G. Savarimuthu会督及第一任院长Denis C. Dutton牧师（博士）（后来是马来西亚基督教卫理公会荣誉会督，也是拿督）留给马来西亚神学院无可磨灭的影响。1984年神学院获得东南亚神学教育协会（ATESEA）的认证，对学院而言是重要的里程碑。2010年，神学院再取得另一个里程碑；应东南亚神学教育协会的邀请，成为神学卓越中心 (CTE) 其中一员，提供神学博士（DTh）课程。
我们会竭尽所能提供最好的——经常进行课程的探讨、讲课和作业达到相应的平衡、提升实习教育体验和群体生活的质量、不断扩充图书馆资源等。我们还进行了行政程序及神学院社区所需的基本设施整合。
信仰宣言
在生活和教学中，本院追求忠于新旧约圣经与教会历史所概述的信经，如使徒信经和尼西亚信经，以及圣公会、福音信义会和卫理公会教义准则中的基督徒信仰之基要真理。这些真理包括：
- 只有一位真神，祂永存为圣父、圣子、圣灵。祂是创造主，救赎主和万有的维护者；祂的爱是完美的。
- 神已藉著祂的爱子，我们的主耶稣基督——永生之道，向我们显示了祂自己。祂也透过自己所默示的新旧约圣经，即那书写之道——信仰和行为的最高权威，让我们认识祂。
- 我们受造为要与神相交，但因着不顺服，我们成了祂眼中的罪人，与神、自己、他人和大自然隔绝。
- 耶稣基督是道成肉身的神子，为童女马利亚所生，在世过着无罪和舍己的生活，且为我们的罪，成为完美的祭物，死在十字架上。藉此，祂显明了神的爱，将我们从罪恶和死亡的权势中释放出来，与神和好。
- 我们称义是靠著神的恩典，藉著相信基督，即那位为我们受死，并且神叫祂从死里复活的耶稣。
- 圣灵引导我们认罪悔改和信靠基督。祂住在我们里面，使我们在神的知识和爱心上成长，并赐给我们力量来完成使命。为此，祂在恩典中赐于每一位信徒所需要的恩赐。
- 教会——基督的身体源于神。祂从万邦万族中呼召祂子民来回应祂、敬拜祂，跟随基督，并且藉着向列邦宣扬福音来服侍祂。教会透过圣言和圣礼，以及教牧关怀得到培育。在一个多元社会中，基督徒也被蒙召与善意人士合作，争取社会公义，救援在患难中的人。在神子民的整体事工中，平信徒和圣职人员虽然角色不同，但功能却相辅相成。
- 教会的元首耶稣基督呼召我们在爱中生活。基督徒不但需要追求属灵上的合一，也要有具体的生活表现，好叫世人可以因此相信基督。
- 耶稣基督将要再来，成为世界的主，施行审判，并且完全彰显祂对万物的统治权。
我们的异象
装备上帝的子民，参与事奉和宣教。
我们的使命
协助教牧同工和信徒在基督里成长，并训练他们参与教会的事奉。
我们的目标
- 训练牧者和教会同工，以满足教会日益增长的需求。
- 装备信徒更有果效地作见证及事奉。
- 提供综合灵命塑造、学术卓越及事工技能三方面的训练。
- 提供处境化和切实性的神学教育。
- 发展一个研究中心以回应马来西亚教会所面对的各种议题。
认证
自1984年10月起，本院已获得东南亚神学教育协会（ATESEA）的认证，可授予神学学士学位，道学学士学位及道学硕士学位。1994年11月，本院也受东南亚神学研究院（SEAGST）审核提供神学硕士学位。
为了满足来自专业人士及有异象的牧者领袖与日俱增的需求，本院于1998年开设教牧学硕士课程(MMin)，并于2008年开设教牧学博士(DMin)课程。教牧学硕士和教牧学博士课程分别于2016年和2017年获得东南亚神学教育协会（ATESEA）的认证。
多年来，本院提供东南亚神学研究院（SEAGST），后称为东南亚神学研究院协会（ATU）的研究生课程。自2010年，本院开设神学硕士课程（MTh），也已于2012年获得东南亚神学教育协会（ATESEA）的认证。